Hưng Hiến vương Chu Hựu Nguyên có một chính thất là Tưởng phi, về sau được truy phong làm Từ Hiếu Hiến hoàng hậu (慈孝獻皇后); một cơ thiếp là Vương thị về sau được tặng làm Ôn Tĩnh Thục phi (温静淑妃). Ông có hai con trai và bốn con gái, lần lượt là:

1. Nhạc Hoài vương Chu Hậu Hi [岳懷王朱厚熙; 7 tháng 7, 1500 - 12 tháng 7, 1500], mẹ là Tưởng phi.
2. Trường Ninh công chúa [長寧公主; 26 tháng 11, 1501 - 16 tháng 4, 1504], mẹ là Tưởng phi.
3. Thiệu Hóa công chúa [善化公主; 21 tháng 7, 1503 - 15 tháng 5, 1512], mẹ là Vương cơ.
4. Vĩnh Phúc công chúa [永福公主; ? - 1525], mẹ không rõ, ban đầu phong Trường Thọ quận chúa (长寿郡主), khi Gia Tĩnh Đế kế vị thì được phong làm Trưởng công chúa (长公主), hạ giá lấy Ổ Cảnh Hòa (鄔景和).
5. Minh Thế Tông Gia Tĩnh hoàng đế Chu Hậu Thông, mẹ là Tưởng phi.
6. Vĩnh Thuần công chúa [永淳公主; 1510 - 1540], mẹ là Vương cơ. Hạ giá lấy Tạ Chiếu (謝詔).